在滿足環保、衛生、安全要求的同時，應盡量減少廢水處理工程的建設投資及運行費用，降低能耗，提高效率。影響費用的因素有：

一、廢水處理工藝和處理級別
　采用一級處理消毒工藝要比采用二級處理消毒工藝便宜的多，采用自排式流程要比采用提升式的運行費用低。所以實驗室廢水若直接排入城市下水道，一般只選用1級處理的流程。若排入國家地面水環境質量標準規定的Ⅲ類水域，則需要采用二級生化處理或更好的處理流程，投資費用相對要增加很多。
 

二、處理站的規模
  處理站的規模越大，處理水量越多，總的投資費用也就越高。因此節約用水，減少實驗室廢水的水量對節省投資和費用具有十分重要的意義。通過采用清污分流的辦法，將受到致病菌污染的含菌廢水同其他廢水分開，只對含菌廢水進行消毒處理。這樣就可以縮小實驗室廢水處理站的規模，節省投資費用。
  另外從處理每立方米廢水的單位投資和費用來分析，則是處理站規模越大，相應的單位處理水量的投資和費用就愈低。而處理水量越少，則相應的單位投資費用就高。
 

三、實驗室的類別與水質
  實驗室類別與廢水的水質對處理工藝的選擇與工程造價費用也有影響。含有較多的消毒劑等化學物質，所以要求較高的處理，較高的余氯量和較長的接觸時間，管理要求也比一般的實驗室嚴格，所以投資費用也較高。

四、消毒劑的種類
  采用不同的消毒劑消毒實驗室廢水其工程造價、設備費用和運行費用是很不相同的。
　　

五、地區的差別
  我國地域遼闊，南方北方氣候條件不同，施工費用、材料費用也有很大差別，南方地區沒有供暖、冰凍問題，下水道埋設較淺，施工費用一般比北方要便宜。其他像城區、郊區,水文地質條件等等均對處理站的造價有不同程度的影響。
 

六、設備選型
  實驗室廢水處理設備選擇直接影響工程費用及運行費用，如加氯機采用進口的，每臺售價近萬元，而國產化加氯機售價僅為進口的二分之一，主要性能還優于進口機。水泵、次氯酸鈉發生器、臭氧發生器也有多種型號產品，價格、質量差別很大，一定要注意選擇。